Urodził się w 3 sierpnia 1901 r. w miejscowości Zuzela nad Bugiem. Pochodził z rodziny wywodzącej się z miejscowej drobnej szlachty. Jego dziadek za udział w Powstaniu Styczniowym został karnie wysiedlony z Podlasia i zamieszkał we wsi Kamieńczyk koło Radzymina. Jego syn został organistą, osiedlił się w Zuzeli i tam poznał swoją przyszłą żonę. Będąc prymasem, Wyszyński wielokrotnie wspominał potajemne odwiedziny wraz z ojcem na rozsianych po okolicznych lasach mogiłach powstańców. Jego rodzice przywiązywali również ogromną wagę do kultu maryjnego. W 1917 r. Stefan Wyszyński podjął decyzję o wstąpieniu do seminarium.
W 1932 r. został redaktorem naczelnym „Ateneum Kapłańskiego”. Angażował się w wiele inicjatyw społecznych, które zaowocowały w 1937 r. powołaniem przez prymasa Augusta Hlonda do Rady Społecznej przy Prymasie Polski.
W ostatnim przedwojennym numerze „Ateneum Kapłańskiego” opublikował artykuł poświęcony zbrodniom reżimu nazistowskiego w Niemczech. W obawie przed aresztowaniem wyjechał z włączonego bezpośrednio do Rzeszy Włocławka. Do czerwca 1940 r. ukrywał się u rodziny koło Warki. Tam został odnaleziony przez jedną z sióstr zakonnych, która nakłoniła go do przyjazdu do ośrodka w Laskach. W październiku 1941 r. krótko przebywał w klasztorze urszulanek w Zakopanem. Tam został aresztowany przez gestapo. Nie został rozpoznany i po kilku dniach powrócił do Lasek. Jeszcze przed wybuchem Powstania Warszawskiego powstał tam szpital polowy dla żołnierzy Armii Krajowej. Ks. Stefan Wyszyński został jego kapelanem. Trafiali do niego powstańcy ranni w walkach na warszawskim Żoliborzu i potyczkach w Puszczy Kampinoskiej. Doświadczenia z okresu zrywu wpłynęły na jego postawę w czasie kryzysów politycznych i społecznych w czasie rządów komunistów. Nadrzędnym celem prymasa było dążenie do uniknięcia rozlewu krwi.
Już w lutym 1945 r. został rektorem odrodzonego Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. W marcu 1946 r. mianowany został biskupem lubelskim, a sakrę biskupią przyjął 12 maja tego samego roku na Jasnej Górze. Początkowo odmówił przyjęcia tej godności, ale został przekonany przez prymasa Hlonda. W swoim herbie biskupim umieścił słowa „Soli Deo” („Bogu Jedynemu”). „Jeżeli ku Bogu kieruje swoją dobrą wolę, choćby słabą, w Nim znajduje wszystko, co było przedmiotem jego trudów, wysiłków, czy przegranych całego życia” –uzasadnił wybór tej sentencji.
Tuż po objęciu przez Stefana Wyszyńskiego godności prymasa władze komunistyczne przystąpiły do zmasowanych represji wobec Kościoła. Już w marcu 1950 r. ogłoszony został dekret o przejęciu dóbr kościelnych. Prymas, wbrew stanowisku Stolicy Apostolskiej, zdecydował się na zawarcie umowy z władzami. W kwietniu 1950 r. doszło do podpisania porozumienia regulującego stosunki państwo-Kościół. Rząd gwarantował m.in. nauczanie religii w szkołach oraz istnienie KUL-u oraz wydziałów teologicznych w Krakowie i Warszawie; Kościół zobowiązał się wezwać duchowieństwo do poszanowania władzy i do współpracy nad odbudową kraju i popierać wszelkie wysiłki zmierzające do utrwalenia pokoju. Porozumienie było ze strony Kościoła bardzo daleko idącym kompromisem, a prymas poddany został ostrej krytyce.
25 września o godz. 22. prymas Wyszyński został aresztowany w Domu Arcybiskupów Warszawskich przy ul. Miodowej. Operacją kierowali oficerowie sowieccy zatrudnieni w Ministerstwie Bezpieczeństwa Publicznego. „Większość księży i biskupów, z którymi pracowałem, przeszła przez więzienia. Byłoby coś niedojrzałego w tym, gdybym nie zaznał więzienia. Dzieje się coś bardzo właściwego; nie mogę mieć żalu do nikogo” – zapisał kapłan. Kolejne trzy lata spędził w miejscach internowania w: Rywałdzie, Stoczku Warmińskim, Prudniku i Komańczy.
Podczas internowania opracował program odnowy życia religijnego w Polsce, zawarty w idei Jasnogórskich Ślubów Narodu. 8 grudnia 1953 r. dokonał aktu całkowitego zawierzenia się Matce Bożej. Przygotował także założenia Wielkiej Nowenny przed obchodami Tysiąclecia Chrztu Polski. Ważnym elementem Nowenny była peregrynacja kopii Obrazu Jasnogórskiego po parafiach w całej Polsce. Władze reagowały na peregrynację szykanami.
16 maja 1956 r. w Komańczy zapisał ostateczną formułę Jasnogórskich Ślubów Narodu Polskiego. W tym czasie na Jasnej Górze trwały przygotowania do wielkiej uroczystości w trzechsetną rocznicę Ślubów Lwowskich króla Jana Kazimierza. 26 sierpnia do Częstochowy przybył milion wiernych. Na pustym tronie prymasowskim spoczywała wiązanka kwiatów.
Żądania uwolnienia prymasa pojawiły się na fali odwilży w październiku 1956 r. Wznoszono je m.in. na gigantycznym wiecu poparcia dla Władysława Gomułki na placu Defilad. 26 października 1956 r. w obliczu dramatycznej sytuacji politycznej, m.in. możliwej interwencji sowieckiej, komuniści powiadomili prymasa o jego uwolnieniu. W odpowiedzi Wyszyński zażądał od delegacji rządowej przywrócenia swobody działalności Kościoła, np. możliwości nieskrępowanego obsadzania stanowisk kościelnych. Jego postulaty zostały spełnione. Dwa dni później powrócił do Warszawy.
Wyszyński był jednym z twórców programu pielgrzymki Jana Pawła II, która odbyła się już w czerwcu 1979 r. W spotkaniach z Ojcem Świętym wzięło udział ok. 13 mln Polaków.
W latach 1980–1981 pełnił rolę mediatora między Solidarnością a władzami. Wspierał i chronił przed zagrożeniami rodzącą się „S”. 26 sierpnia 1980 r. na Jasnej Górze wygłosił homilię, która była wezwaniem do dialogu: „Uważam, że czasami niewiele trzeba wymagać, byleby w Polsce zapanował ład. Tym więcej, że żądania mogą być słuszne i na ogół są słuszne, ale nigdy nie jest tak, aby mogły być spełnione od razu, dziś. Ich wykonanie musi być rozłożone na raty. Trzeba więc rozmawiać: w pierwszym rzucie wykonamy żądania, które mają podstawowe znaczenie, w drugim rzucie następne. Takie jest prawo życia codziennego”. Według historyków prymas obawiał się wówczas sowieckiej interwencji lub brutalnej reakcji władz. Ostrzegał przed radykalizmem części działaczy. „Obrona człowieka pracującego – to jest wasze najważniejsze zadanie” – podkreślił w liście do „Solidarności” z 10 grudnia 1981 r. Prawdopodobnie dzięki jego rozmowie z nowym premierem PRL Wojciechem Jaruzelskim dokonano rejestracji NSZZ „S” Rolników Indywidualnych.
Prymas Tysiąclecia zmarł 28 maja 1981 r. w Domu Arcybiskupów Warszawskich. Przyczyną śmierci była choroba nowotworowa. Jego pogrzeb stał się ogólnonarodową manifestacją. Wzięli w nim udział także przedstawiciele reżimu komunistycznego. Od 28 do 31 maja obowiązywała żałoba narodowa. Został pochowany w warszawskiej archikatedrze św. Jana Chrzciciela, w krypcie biskupów warszawskich. Od 1 czerwca 1987 r. spoczywa w bocznej kaplicy archikatedry, sąsiadującej z miejscem spoczynku jego poprzednika, prymasa Augusta Hlonda.
Proces beatyfikacyjny kard. Wyszyńskiego na szczeblu diecezjalnym rozpoczął się 20 maja 1989 r. W stulecie urodzin rozpoczął się rzymski proces beatyfikacyjny. 8 grudnia 2017 r. dekret o heroiczności cnót podpisał papież Franciszek. 29 listopada 2018 r. konsylium lekarskie Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych zatwierdziło cud za jego wstawiennictwem, a 2 października 2019 r. papież Franciszek podpisał dekret zatwierdzający ten cud, jakim jest uzdrowienie chorej na nowotwór tarczycy. 21 października 2019 r. kard. Kazimierz Nycz ogłosił, że beatyfikacja odbędzie się 7 czerwca 2020 na placu Piłsudskiego w Warszawie, ale 28 kwietnia 2020 r. została ona zawieszona w związku z pandemią koronawirusa. 23 kwietnia 2021 r. kard. Nycz poinformował, że uroczysta beatyfikacja odbędzie się 12 września 2021 r. w Warszawie wraz z beatyfikacją Róży Czackiej.
