Niezależne Zrzeszenie Studentów było największą obok „Solidarności” organizacją niezależną od komunistów powstałą po sierpniu 1980 r. W szczytowym momencie karnawału „S” do NZS należało ok. 90 tys. studentów, a więc blisko 1/3 wszystkich studiujących. Narodziny niezależnego ruchu studenckiego nastąpiły niemal równolegle z powstaniem NSZZ „Solidarność”. 22 września 1980 r. Ogólnopolski Komitet Założycielski złożył w Sądzie Wojewódzkim w Warszawie wniosek o rejestrację Niezależnego Zrzeszenia Studentów.
Po trwającym wiele miesięcy kryzysie wokół rejestracji NZS władze zdecydowały się na ustępstwa i zalegalizowanie jedynej w bloku wschodnim niezależnej organizacji młodzieżowej. 17 lutego 1981 r. minister nauki, szkolnictwa wyższego i techniki prof. Janusz Górski zaakceptował statut NZS pod warunkiem wpisania do niego formuły, iż „w swej działalności opiera się na Konstytucji PRL i ratyfikowanych konwencjach międzynarodowych”. Podobny zapis znalazł się wcześniej w statucie NSZZ „S”. Wagę tego gestu, który całkowicie zaprzeczał totalitarnym dążeniom komunistów, zrozumiał m.in. Mieczysław F. Rakowski, wówczas redaktor naczelny „Polityki” i poseł na Sejm PRL. - Rząd złożył podpis pod dokumentem, który przekreśla możliwość oddziaływania na studentów. Słowem, pełna kapitulacja – zanotował w swoich „Dziennikach”.
W tym samym czasie trwały intensywne przygotowania do wprowadzenia stanu wojennego, który miał odwrócić dokonane przez władze ustępstwa. Władze zdawały sobie sprawę, że oblicze ideowe NZS jest jednoznacznie antykomunistyczne, a tym samym musi zostać spacyfikowane w pierwszych godzinach po wprowadzeniu stanu wojennego. Działacze Zrzeszenia domagali się demokratyzacji życia akademickiego, przestrzegania podstawowych swobód politycznych w kraju oraz praw człowieka, szanowania polskich tradycji niepodległościowych i patriotycznych. NZS było także poważnym ośrodkiem niezależnego słowa. W latach 1980-1981 z inicjatywy struktur NZS ukazywało się łącznie ok. 260 tytułów gazetek informacyjnych, kulturalnych i satyrycznych.
W kwietniu 1981 r. na I Ogólnopolskim Zjeździe NZS w Krakowie na przewodniczącego Krajowej Komisji koordynacyjnej NZS został wybrany student historii na Uniwersytecie Jagiellońskim Jarosław Guzy. Podobnie jak większość przywódców NZS został aresztowany już w nocy z 12 na 13 grudnia 1981 r. Wraz z nim do ośrodków internowania trafili m.in. Bogdan Klich, Jacek Rakowiecki, Marek Jurek, Maciej Kuroń, Jacek Czaputowicz i Agnieszka Romaszewska. Łącznie w ręce reżimu wpadło 410 członków NZS, w tym 192 działaczy uczelnianych i 13 pełniących funkcje ogólnopolskie. Byli traktowani podobnie jak większość działaczy „Solidarności”. Postawiono im zarzuty dotyczące „działalności wymierzonej przeciwko ustrojowi i organom państwowym PRL”.
30 grudnia zajęto główną siedzibę NZS – Krajową Komisję Koordynacyjną w Warszawie. Wobec ostatnich pozostających na wolności przywódców studenckich wystosowano listy gończe. Organizacja została więc błyskawicznie pozbawiona całego przywództwa. 5 stycznia Ministerstwo Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki podjęło decyzję o rozwiązaniu NZS. W komunikacie podano, że organizacja atakowała władze PRL, sojusze z krajami socjalistycznymi i prowadziła działalność antysocjalistyczną.
Możliwości organizacji struktur podziemnych w pierwszych dniach stanu wojennego utrudniało dodatkowo zamknięcie uczelni (zostały otwarte dopiero 8 lutego 1982) oraz odcięcie łączności między poszczególnymi częściami kraju. Studentom pozostało wzniecanie lokalnych akcji sprzeciwu wobec junty wojskowej. Jednym z ich przejawów było umieszczanie zapalonych świec w oknach akademików w każdą miesięcznicę wprowadzenia stanu wojennego. W kolejnych tygodniach w najważniejszych ośrodkach akademickich powstawały Grupy Oporu NZS. Do 1985 r. ukazało się ponad 50 tytułów czasopism podziemnych. Znacznie bardziej masowo drukowano i kolportowano ulotki. Na murach pojawiały się napisy wymierzone w reżim. Stopniowe odradzanie się samorządów studenckich sprawiło, że stały się one jednym z najważniejszych form działalności członków dawnego NZS. Ważnym forum jednoczenia studentów było duszpasterstwo akademickie.
Odpowiedzią władz na aktywność podziemia studenckiego były fale aresztowań działaczy grup NZS, a często przypadkowych studentów, których uważano za negatywnie nastawionych do reżimu. W październiku 1985 r. w Olsztynie zatrzymano pochodzącego z tego miasta studenta chemii Uniwersytetu Gdańskiego Marcina Antonowicza. Towarzyszący mu koledzy zostali wezwani przez milicjantów do rozejścia się. Kilkanaście minut później został znaleziony w ciężkim stanie na jednej z pobliskiej ulic. Zmarł, nie odzyskawszy przytomności. Według oficjalnej wersji wyskoczył z jadącego milicyjnego stara. Jego pogrzeb był jedną z największych manifestacji studenckiego podziemia antykomunistycznego. Uczestniczył w nim rektor UG prof. Karol Taylor (z tego powodu został odwołany z tej funkcji).
W drugiej połowie lat osiemdziesiątych członkowie dawnego, legalnego NZS włączyli się w tworzenie nowych organizacji antykomunistycznych. Wśród nich był Ruch „Wolność i Pokój”, który narodził się wokół poparcia dla studentów odmawiających złożenia przysięgi wojskowej. Kolejne pokolenie studentów mobilizowały podejmowane przez władze próby ściślejszego podporządkowania uczelni. Mimo że w 1985 r. władze postawiły na swoim i zniszczyły resztki niezależności akademickiej, to wydarzenia te były impulsem dla studentów, którzy nie doświadczyli klęski NZS w momencie wprowadzania stanu wojennego i wyrażali postawę radykalnie antykomunistyczną.
Już w 1987 r. powołano liczne struktury, których celem było przywrócenie jedności NZS. Były to m.in. Krakowska Rada Koordynacyjna, Międzyuczelniana Rada Porozumiewawcza Uczelni Śląskich oraz warszawska Unia NZS. 10 stycznia 1987 r. w Warszawie odbyło się tajne spotkanie studentów z 21 uczelni, które uznano za II Kongres NZS. Reaktywowano Komisję Krajową i wyznaczono cele działalności – walkę o wolność akademicką oraz niepodległą Polskę. W czerwcu 1987 r. NZS było widoczne w czasie trzeciej pielgrzymki Jana Pawła II. Kilka miesięcy później działacze NZS organizowali nielegalne obchody dwudziestej rocznicy marca 1968 r. W coraz liczniejszych gazetkach podziemnych informowano o pochodach i manifestacjach upamiętniających bohaterów tamtych wydarzeń. Ich symbolem było hasło „Urodziliśmy się w 1968”. Żądano ponownej legalizacji NZS i zmiany ustawy o szkolnictwie wyższym. Wiosną i latem 1988 r. studenci włączyli się w ostatnie fale strajków, które przybliżyły Polskę do rozmów okrągłego stołu.
Konflikt wokół ponownej rejestracji NZS stał się ostatnim polem starcia z zanikającym reżimem PRL. Już 14 października 1988 r. złożono wniosek o rejestrację Zrzeszenia. Wsparciem dla tych działań była kilkudniowa akcja protestacyjna zorganizowana w styczniu 1989 r. W trakcie obrad okrągłego stołu władze brutalnie tłumiły protesty studenckie. W tym czasie działacze opozycji i komuniści formalnie zgodzili się na rejestrację NZS, ale zwlekano z administracyjnym potwierdzeniem tej decyzji. W odpowiedzi działacze Zrzeszenia podejmowali coraz liczniejsze akcje antykomunistyczne. Przewlekanie rozwiązania tego problemu sprawiło, że rejestracji dokonano dopiero we wrześniu 1989 r., już w czasie istnienia rządu Tadeusza Mazowieckiego. „W tym, co się działo z nami, zamyka się cała epoka. My pierwsi, po latach zastoju zorganizowaliśmy masowy protest, my ostatni po latach, my ostatni, po zmianach w kraju, uzyskaliśmy prawo do legalnego istnienia” – pisano na łamach specjalnego wydania warszawskiego „Kuriera Akademickiego”.
